Die Hochschule Regensburg gliedert sich in den Zentralbereich sowie die Fakultäten.

Zentrale Organe der Hochschule sind die Hochschulleitung, die Erweiterterte Hochschulleitung, der Senat und der Hochschulrat.

Organe der Fakultäten sind der Dekan oder die Dekanin, der Studiendekan oder die Studiendekanin und der Fakultätsrat.

Studierendenvertretung: Die Beteiligung der Studierenden erfolgt durch ihre gewählten Vertreter in den Hochschulgremien Hochschulrat, Senat und Fakultätsrat. Gleichzeitig bringen sich die Studierenden über die Organe der Studierendenvertretung ein. Diese sind der studentische Konvent, der Sprecher- und Sprecherinnenrat sowie die Fachschaftsvertretungen.

Hochschulverwaltung: Alle Aufgaben, die zu den administrativen Aufgaben der Hochschule gehören, werden von der Hochschulverwaltung wahrgenommen. Einzelne Aufgaben können auch an Beauftragte übertragen werden.

Kuratorium: Das Kuratorium unterstützt die Interessen der Hochschule und fördert die Aufgabenerfüllung durch die Hochschule.